本片原著為「涼宮春日」系列輕小說，作者為谷川流原。是繼《涼宮春日的憂鬱》後，再度推出的動畫作品。並於上映首週開出2億日幣的票房。

故事描述， SOS團這回，發生了不可思議、又說不清楚的異象。原來，在一個聖誕前夕，SOS團的領導人涼宮春日，竟憑空消失，非但如此，取而代之的，竟是當初意圖謀殺阿虛，最後已被長門消滅的朝倉！

究竟發生了什麼事？怎麼明明已不在人世的朝倉，會突然現身教室呢？而涼宮春日，又芳蹤何在？一樁接一樁的陰謀與威脅，又將推展出什麼意想不到的新發展？

此外，兩女三男的SOS團，涼宮春日、長門有希、朝比奈實玖留、阿虛、及古泉一樹五位團員，錯綜複雜的的情感發展，亦備受注目，本集，他們的關係，又將產生什麼微妙的變化？

本集電影版，最特別的是，長門有希將成為情節主線，…透過抽絲剝繭，逐步揭開陰謀的真相，以往戴著一付斯文眼鏡的長門，這次將有令人驚艷的發揮，此外，她與阿虛的互動，也將是觀眾重點觀察的情節。

涼宮春日電影版的監製，亦由電視版石原立也擔任，影像風格延續電視版細膩、剔透的品質。靈魂人物涼宮春日一角的配音，仍由超人氣偶像平野綾擔任。其他配音陣容包括：杉田智和、茅原實里、後藤邑子、小野大輔…等。「京都動畫公司」曾製作出膾炙人口的動畫如《幸運星》、《K-ON!輕音部》。