廣島的世界遺產共有2處。一個是位于廣島市內的廣島和平紀念碑(原爆DOME)，于1996年登錄。原為廣島產業獎勵館的建築物，原爆后成為廢墟，作為廢絕核武器、祈禱永久和平的象徵。1966年採納和平團體的提議，廣島市議會決議將原爆后僅存的半圓型屋頂的鐵架，照原樣保存。在市民及內外界的捐款援助下，進行了保存修繕工事，1989年利用全國捐款進行了第二次工事，使原爆DOME現在仍以二戰后的面目得以保存。作為人類的負遺產，是警示后人的歷史見証。

　　另一處為宮島的嚴島神社。浮在海面之上與背后的原始森林融為一體，平安時代的寢殿構造，以其獨特性而受到高度評價，于1996年登錄為世界遺產。登錄區域包括，嚴島神社的建築群和彌山的森林，核心部分總面積約有4.3平方公里。嚴島神社創建于推古元年(593年)，之后仁安3年(1168年)，平安末期的武將平清盛採用了平安時代貴族的宅邸建築樣式──寢殿構造后，才有了現在的風姿。

　　在鹿兒島南部的屋久島上，從平地到山頂，可連續看到從亞熱帶到亞寒帶植物的植生態垂直分布，有1000年以上樹齡的杉樹構成的絕美景觀得到了高度評價，于1993年登錄。屋久島90%的面積都是森林，為保護原被奉為神樹的屋久杉樹，屋久島的原生林與1924年被指定為天然紀念物，1954年被指定為特別天然紀念物，1964年被指定為國立公園后，大規模的採伐仍持不斷續。1971年保護屋久島之會結成后，于1980年代大規模的採伐才被全面禁止。

　　琉球王國城及關聯遺址群曾是東南亞、中國、朝鮮半島、日本的政治經濟交流中心，也是將已不復存在的琉球王國的遺跡以及逐漸淡卻的傳統文化向現代傳遞的遺址。以及將沖繩傳統的崇拜自然,崇拜祖先之信仰形態保存至今的3個方面受到評價，于2000年被登錄為世界遺產。被登錄的以城跡為主，包括玉陵、石門、場御獄等9處資產。古城的城牆象徵著財富，形狀與日本本土的方形不同，是沿著地形修建而成的婉美曲線型的，很有特色。